BLE und TI sind nachgeordnete Behörden des BMEL und sind direkt an der Datenerhebung beteiligt.

Die Koordinierung des Nationalen DCF-Programms wurde dem Thünen-Institut für Seefischerei (ehemals Teil der Bundesforschungsanstalt für Fischerei) übertragen.

Daten zu den Anlandungen, zum Aufwand und zu Flottencharakteristika der Fischerei unter deutscher Flagge werden von der BLE erhoben. Die BLE dient zudem als Informationsdienstleister (Datenbanken, Webseite) im Rahmen des DCF-Programms.

Die Thünen-Institute für Seefischerei und Ostseefischerei erheben biologische Daten durch die Beprobung der Berufs- und Freizeitfischerei und von fischereiunabhängigen Forschungsreisen, sowie ökonomische Daten zur Fischereiflotte, Aquakultur und fischverarbeitenden Industrie.

Das Thünen-Institut für Fischereiökologie erhebt Fischereidaten und biologische Daten zu Wanderfischarten.